本发明公开了一种新结构输出通道抗高频二次谐波干扰电路系统，涉及高频谐波干扰领域，本发明包括阻滞疏导系统、互补对消系统和模块化多电平结构系统；所述阻滞疏导系统包括电感阻滞模块、电容疏导模块、融合衍生模块、高阶滤波器和PWM整流器；本发明利用电感高频高阻抗和电容高频低阻抗的特性，用电感阻滞谐波电流流入系统，用电容疏导分流谐波电流，二者配合可形成LC、LCL型滤波PWM整流器和其他更高阶输入滤波衍生类，通过高阶滤波器有效滤除高频谐波，为后续直流环节及逆变环节提供稳定的直流电，同时通过控制输入电流正弦化以及与网侧电网电压维持同相位，从而达到网侧谐波含量较小，功率因数高的目的。