本发明涉及一种两段式沼气生物脱硫装置，包括硫化氢吸收塔、排硫单元、吸收液氧化塔和排气单元，所述硫化氢吸收塔的底部的第一排出口，第一排出口通过排硫管道连接排硫单元，排硫单元通过吸收液回收管道连接吸收液氧化塔的顶部；吸收液氧化塔的底部设有第二排出口，并通过回流管道连接硫化氢吸收塔的顶部，硫化氢吸收塔的顶部设有排气单元；所述硫化氢吸收塔由上至下依次包括第一喷淋器、硫化氢吸收区和沼气进气装置，第一喷淋器连接所述回流管道的出口，用于喷洒吸收液；所述第一排出口设在沼气进气装置的下方；所述吸收液氧化塔由上至下依次包括第二喷淋器、微生物氧化区和空气进气装置，第二喷淋器连接所述吸收液回收管道的出口。