本发明公开了一种多温控模块异步可选配通道的PCR仪及其检测方法；属于医用检查检验仪器、分子诊断检测仪器领域；其技术要点在于：其包括：m个温控模块、m个反应池组件模块、荧光检测组件；荧光检测模块为激发光‑接收光一体化模块结构；光纤固定板布置有通孔，通孔、光纤、反应池三者的数量相同，光纤、荧光检测模块分别位于光纤固定板的两侧；光纤的一端与通孔一一固定连通，另一端插入到反应池中。本发明旨在提供一种多温控模块异步可选配通道的PCR仪及其检测方法，一套荧光检测系统可以互不干扰的采集m个PCR反应池的荧光信号；通道可选配，可以更好的满足用户需求以及降低成本，设备的通用型增强。