本发明公开了一种质子泵抑制剂胶囊，包括胶囊壳和肠溶微片，所述肠溶微片包括包衣和微片本体，所述微片本体为双层结构，包括质子泵抑制剂缓释层和生物粘附层，所述质子泵抑制剂缓释层主要包括药物组分和中药稳定剂，使用碱性中药作为稳定剂，并利用粉末微粒粗糙、多孔的微观结构吸附和包裹原料，保证原料处于遮光、非酸性环境；所述的质子泵抑制剂缓释层为骨架型缓释片；生物粘附层具有生物膜粘附功能，可以确保微片滞留于小肠中持续释药。本发明还提供了上述质子泵抑制剂胶囊的制备方法，制备时采用直混工艺，同时避免引入溶剂，进而避免了高温、高湿的生产条件，相较市面目前其他产品而言，生产工艺更为简单，更适合大批量生产。