本发明公开了一种重组腺相关病毒包装质粒、重组腺相关病毒及其应用。所述重组腺相关病毒包装质粒包括2型腺相关病毒的Rep基因和11型腺相关病毒的Cap基因。所述重组腺相关病毒，由所述的重组腺相关病毒包装质粒、腺相关病毒核心质粒和腺病毒元件辅助质粒共转染包装细胞系获得。本发明制备的重组腺相关病毒具备标记特定脑区及其上游连接网络的特性，且逆行标记效率更高。本发明解决了现有逆行标记方法效率低的难题，为神经科学研究、疾病模型建立和基因治疗等提供了更好的工具和技术支撑，具有广泛的应用价值和市场前景。