本发明提供的基于视频会议共享辅流的远程协作的方法、系统及存储设备，所述方法包括：视频会议与两个终端建立连接；视频会议终端的屏幕播放内容以视频辅流的形式发送至本地终端和远程终端；远程终端申请远程协作，经授权后，建立远程终端和本地终端之间的远程协作通道；远程终端在其接收的屏幕画面上，通过鼠标和/或键盘进行操作后，将操作指令对应的触发事件内容封装成数据包后发送给视频会议终端；视频会议终端接收数据包后，解析出具体的触发事件内容后，转换为虚拟鼠标和/或虚拟键盘的操作指令并在本地终端上执行；本发明具有视频会议的两个终端均无需额外部署应用程序，即可实现远程会议协作的的有益效果，适用于视频会议领域。