本发明提供了一种往来业务数据处理方法、装置及终端设备，该方法应用于数据处理技术领域，该方法包括：获取各个业务往来机构的往来业务数据；基于各个业务往来机构的所属层级或各个业务往来机构对应的往来业务确定各个业务往来机构的款项核算顺序；根据各个业务往来机构的款项核算顺序对各个业务往来机构的往来业务数据进行款项核算，得到各个业务往来机构对应的款项核算结果。本发明提供的往来业务数据处理方法、装置及终端设备能够提高各个往来业务机构的款项核算效率。