本发明提供一种水文数据访问控制系统，包括由协调器、多权限用户路由器、水文数据采集终端构成的网络拓扑结构；协调器负责网络的组建、水文采集数据的收集、控制命令以及权限策略的下发；多权限用户路由器作为水文数据采集终端的“接收器”和“数据中继器”，实现数据转发、权限请求和数据查询的功能；水文数据采集终端与多权限用户路由器相连构成网络末端的数据采集节点，负责验证访问权限和响应控制中心命令，并在验证通过后上传实时水文数据；协调器还与管理中心连接，完成数据的交互，管理中心用来对整个系统进行控制。本发明提供的一种水文数据访问控制系统，具有系统可靠性高、安全性强、控制效率高的特点。