本发明公开了一种以云南重楼为主原料治疗自身免疫性肝炎的中药组合物及其制备方法、制剂和应用。所述的以云南重楼为主原料治疗自身免疫性肝炎的中药组合物由原料重量份的茵陈1000~2500份、赤芍1000~3000份、重楼500~2000份、青皮1000~2000份、白鲜皮1000~2500份、麦芽1000~3000份、甘草500~1500份组成。制剂为颗粒剂、片剂、胶囊剂、口服溶液和糖浆剂。应用为所述的以云南重楼为主原料治疗自身免疫性肝炎的中药组合物在制备治疗自身免疫性肝炎药物中的应用。