本发明公开了一种鱼类脱钙骨基质及其制备方法，其中，制备方法包括以下步骤：将新鲜鱼骨置于反应釜中，在反应釜中依次进行如下处理：氯化钠溶液4℃搅拌8h‑SDS溶液4℃搅拌8h‑纯水清洗‑丙三醇4℃搅拌8h‑纯水清洗‑过氧化氢溶液37℃搅拌8h‑纯水清洗‑无水乙醚4℃搅拌8h‑蛋白酶溶液4℃搅拌0.5h‑纯水清洗‑无水乙醇脱水，将脱水后的鱼骨从反应釜中取出，冷冻干燥后获得鱼类脱钙骨基质。本发明制备得到的鱼类脱钙骨基质完好的保留了鱼骨骨骼的空间结构，具有良好的生物相容性、生物降解性和骨修复能力，无人畜共患病风险，经粉碎、重塑后获得的产品机械强度好，可用于各种非承重骨缺损修复和承重骨缺损辅助修复。