本发明公开一种双菌菌剂，包括碳酸盐矿化菌和产碳酸酐酶菌。本发明还公开了该双菌菌剂的制备方法以及在荒漠化土壤修复的应用。本发明提供的双菌菌剂，其中的碳酸盐矿化菌和产碳酸酐酶菌相互配合，应用于荒漠化土壤修复，大大提高了体系的固化速率，固化时间和单独使用碳酸盐矿化菌相比大幅减少，以CO2为部分碳源，减少了CO2的排放并降低了尿素的用量；同时该方法无毒、无害、无二次污染，成本低，双菌菌剂制备简单、且固化过程中留在土壤里的尿素也使土壤更加肥沃。