本发明提供一种流域畜禽最大允许养殖规模的确定方法及系统，根据流域地表水磷素允许负荷、流域生活源和点源磷素现状负荷确定流域农田磷素允许负荷；根据作物种植面积、目标产量、最低单位产量磷素流失系数和流域河网磷素衰减系数确定流域农田磷素最低负荷；判断流域农田磷素最低负荷是否小于或等于流域农田磷素允许负荷；若是，基于作物目标产量、种植面积、收获物中磷素含量确定作物磷素需求量；根据各类作物磷素需求量、由施肥贡献的产量占目标产量的比例、有机无机最优配比、有机肥施用当季利用率、单位猪当量磷素排放系数确定畜禽养殖猪当量；若否，调整高磷素排放作物的种植面积直至满足上述条件。本发明兼顾农作物生长需求和水环境保护。