本发明涉及控制系统技术领域，尤指一种辅助联锁保护系统决策的方法；所述的方法主要基于PLC控制器和PC处理器的互联通讯，主要包括以下步骤：S1、PLC控制器用于监测终端设备以采集设备数据，将采集到的数据发送到PC处理器；S2、PC处理器收到PLC控制器发送过来的数据后，对数据进行处理后再转发PLC控制器；S3、PLC控制器收到PC处理器发送过来的数据后，进行决策反应和执行逻辑保护；本发明可以有效滤除因监测设备自身或者采集链路等偶发性问题引起的联锁保护停机，同时通过相关性预警提醒可能存在隐患。