本发明一种医学影像自动诊断系统包括服务器和移动终端；所述移动终端包括图像获取模块；所述服务器包括处理器和数据库；所述处理器将所述第一图像数据和所述第二图像数据通过第一方法进行对比并输出第一预选疾病数据，再通过第二方法进行比对输出第二预选疾病数据；所述处理器判断所述第一预选疾病数据和所述第二预选疾病数据是否相同，若所述第一预选疾病数据与所述第二预选疾病数据相同，通过不同方法输出所述第一疾病数据。本发明通过本方法能够自动识别患者的疾病，并及时输出至移动终端，以供医生、患者参考，节约排队看医生的时间，能够及时对症治疗，有益患者的病情。