本发明涉及高温灭菌设备技术领域，具体是涉及一种双舱脉动真空压力蒸汽灭菌器及灭菌方法，包括灭菌器本身，灭菌器包括壳体、灭菌舱室、活塞以及第一直线驱动器。通过第一直线驱动器调节活塞,使活塞不与两个进气口抵靠，从而让蒸汽传输至两个加热腔内部对灭菌舱室进行加热，使得能同时对两个灭菌舱室内的部件进行灭菌，从而一次灭菌大量物件；利用活塞与一个进气口抵靠，使得一个进气口处于封闭状态，使仅有一个进气口与其对应的加热腔连通进行加热，同时蒸汽能进入对应的一个灭菌腔，从而使得仅有一个灭菌舱室能够进行灭菌，使得通过调节活塞位置使一个灭菌舱室进行灭菌一个灭菌舱室进行上下料提高的工作效率，两个灭菌腔能独立运行。