本发明公开了盐碱地土壤甜高粱专用微生物菌肥及其制备方法，主要包括以下质量份原料：复合微生物菌11‑15份，农作物秸秆及废弃枝条35‑42份，食用菌废渣18‑24份，糠醛渣14‑17份，醋渣8‑12份，脱硫磷石膏4‑7份，硫酸铝2‑4份，黄腐酸13‑15份，氨基酸1‑3份，酶解海藻粉5‑8份，鼠李糖脂2‑5份，海藻酸1‑2份，柠檬酸0.5‑1份，水解生物炭6‑10份，中微量元素混合物0.5‑1.5份，木霉菌0.01‑0.1份，长曲霉菌0.05‑0.1份。该微生物菌肥在有效提高甜高粱产量的同时，改善土壤结构，并且减少化肥、农药的使用。