本发明公开了一种软岩隧道中预应力锚固系统的机械快速施工方法，包括以下步骤：S1.自动钻孔；S2.杆体安装及搅拌；S3.附件安装；S4.张拉预紧；S5.有效预应力检测；S6.补偿张拉；S7.注浆。本发明整个施工过程中，均通过机械设备和系统进行施工操作和控制，可以把控施工时机和工期，减少人力消耗和人工成本，降低施工难度，保障施工安全，并且施工过程中全机械化施工，能简化流程和工序，缩短施工周期，减少软岩应力变化造成的岩层变形、收拢问题，提升围岩自承载能力，并通过机械施工可以更好的控制和提高施工要求，保证质量和安全，提高施工效率。