本发明涉及辐照后扫描电镜试样制备技术领域，公开了一种基于导电屏蔽镶嵌的辐照后锆合金扫描电镜试样制备方法，包括如下步骤：步骤1、采用切割装置对辐照后的锆合金进行切割，获得小尺寸的辐照后的锆合金试样；步骤2、采用加热装置对低熔点、高原子序数的混合金属颗粒进行加热，获得液态的低熔点合金；步骤3、利用液态的低熔点合金对所述锆合金试样进行镶嵌并冷凝；步骤4、对低熔点合金镶嵌后的所述锆合金试样进行机械研磨和机械抛光，使所述锆合金试样呈镜面光洁；步骤5、对机械抛光后的所述锆合金试样进行化学蚀刻再进行扫描电镜分析，或直接进行扫描电镜分析。本发明能够简单、高效的制备辐照后锆合金扫描电镜试样。