本发明公开了一种基于数字孪生的国土空间全域全要素防洪防涝系统和预警方法。具体是通过构建防洪防涝系统实现实现国土空间全域全要素的洪水、涝水预报及预警，其中，防洪防涝系统包括国土空间全域全要素智能感知单元、国土空间全域全要素数字孪生体系单元、国土空间全域全要素洪水、涝水预报单元以及国土空间全域全要素的洪灾、涝灾预警与决策支持单元，该系统能够面向国土空间构建全域洪涝管控工作范围与全要素保护对象覆盖，在覆盖不同国土全空间类型的同时，能够1:1数字化映射并全面真实模拟、动态仿真、可视化展示国土空间内不同要素的所面临的防洪防涝风险，从而实现国土空间全域全要素的洪灾、涝灾预警与决策支持。