本发明属于污水处理技术领域，公开了一种适用于高氨氮高镁脱硫废水的达标处理系统，包括预沉池，所述预沉池出口依次经过pH调节箱、磷酸铵镁反应箱、混凝除磷反应箱、高效澄清池、加氯氧化箱、过滤水泵、过滤器后与清水箱的入口相连通；所述pH调节箱的加药口连通有NaOH溶液箱，所述磷酸铵镁反应箱的加药口连通有Na2HPO4溶液箱，所述混凝除磷反应箱的加药口连通有PAC溶液箱，所述高效澄清池的加药口连通有盐酸溶液箱；以及提供了一种适用于高氨氮高镁脱硫废水的达标处理方法，可有效适应新修订的脱硫废水排放标准下对脱硫废水尤其是高镁离子高氨氮浓度脱硫废水氨氮达标治理的要求。