本申请涉及混凝土领域，具体公开了一种耐微生物侵蚀防护混凝土及其制备方法，一种耐微生物侵蚀防护混凝土由包含以下重量份的原料制成：水泥、包膜骨料、粉煤灰、硅灰、外加剂、填充纤维、水；包膜骨料制备方法如下：称取短芽孢杆菌菌悬液喷涂至骨料表面，短芽孢杆菌菌悬液与骨料重量比为0.5‑1.5:12，然后表面喷涂聚乙二醇溶液，聚乙二醇溶液与骨料重量比为0.5‑2:12，经干燥，制得包膜骨料；其制备方法为：称取水泥、包膜骨料、粉煤灰、硅灰混合搅拌制得初混料；称取填充纤维、外加剂、水与初混料混合搅拌后制得拌和料；拌和料经养护，制得混凝土；具有较好的耐微生物腐蚀性。