本发明属于电能量采集系统领域，具体提供了一种电能量采集系统数据补采与存储方法，包括如下步骤，S1:获取系统内所有的数据点的实时电量数据信息；S2:按照预先存储在数据库中的表底值数据表，对实时电量数据信息进行对应存储；S3:根据上述存储结果，判断缺失数据的数据点及缺失数据类型，生成电能量补采模板；S4:对补采模板中的补采数据进行合理性验证，若验证合格，则将补入信息写入数据库相应时间的表底值数据表记录中，并触发时段值表的数据更新运算得到时段电量数据；否则，返回生成获得补采模板。本方案能够在数据存库前进行多重校核，确保数据合理有效，提高了补录数据的质量，解决了电能量数据补采效率低、异常数据无法甄别的问题。