本发明提供了一种图数据存储方法及装置，其中，该方法包括：根据目标业务的图结构确定顶点数据和边数据，顶点数据包括各顶点的顶点引用标识，边数据包括各边的边引用标识；将各顶点的顶点引用标识和各边的边引用标识分别存储于各定长数据段中，存储各顶点的顶点引用标识的定长数据段的长度相同，存储各边的边引用标识的定长数据段的长度相同；根据各顶点在文件中的存储位置形成各顶点的标识符，结合各顶点的标识符建立图结构的索引树。通过执行本发明，将顶点引用标识和边引用标识存储在定长数据段中，实现了存储空间的动态可复用，并且，通过顶点的存储位置形成各顶点的标识符，使得各顶点具备ID不变性，提高了数据的定位效率。