本发明的实施例提供了一种以机组为调度单元的梯级水电及光伏短期互补调度方法和系统，涉及清洁能源技术领域。所述方法包括：基于预测的光伏电站的出力数据，以一天为调度周期，构建梯级水光互补系统可消纳电量最大短期优化调度的模型；进行所述模型转换及求解。这样，以机组为最小调度单位，精细化考虑互补系统面临的电站约束、机组约束和电网约束，构建了梯级水光互补系统可消纳电量最大短期优化调度模型，通过梯级水电的水力和电力再分配，提升互补系统的整体电量消纳水平及调度计划可执行性。