本发明涉及一种基于临床研究数据的智能数据处理系统，该系统包括接收模块，用以接收第n医疗终端的第n电子病历，中控模块，分别与n个医疗终端进行连接，用以接收任意医疗终端的电子病历；提取模块，提取模块内预先设置有标准模板，并根据模板的数量对医疗终端进行排序，形成终端序列；选择模块，用以将终端序列中的首个终端使用的电子病历的模板选择为标准模板；转化模块，用以及将提取出来的其他模板转化为标准模板；采集模块，待所有的电子病历转化为标准模板后对电子病历集中的信息进行采集。通过将非标准模板的电子病历中的信息进行提取后转化为标准模板，提高了电子病历中的信息的利用效率。