本发明公开了母线差动保护技术领域的基于制动电流和零序电流的CT断线快速闭锁方法及系统。方法包括：根据母线各支路的电流采样值；比较大差制动电流值、浮动门槛值的大小输出第一比较结果；比较母线各支路的零序突变量值的最大值的K倍与各支路的零序突变量值的绝对值之和，输出第二比较结果；根据预设的判据，判断为发生母线单相CT断线，闭锁该相别母线差动保护；解决了制动电流CT断线判据在部分重负荷情况下发生区内单相高阻故障和先发生母线区外金属性故障，后转母线区内同名相高阻故障等情况时误闭锁母线差动保护的问题；同时，解决了零序电流CT断线判据在二分之三接线方式下存在环路分流和三相阻抗不平衡等情况下误闭锁母线差动保护的问题。