本发明提供一种智能变电站继电保护装置智能巡检方法及系统，属于变电站的巡检技术领域。所述智能巡检方法包括：建立继电保护装置的巡检项目配置模型；解析继电保护装置的全站SCD文件，提取所有的IED的基本信息，更新巡检项目配置模型；根据预设的继电保护装置的巡检项目告警等级确定巡检项目配置模型的告警项目判断方法；采用告警项目判断方法针对巡检项目配置模型进行巡检筛查以确定当前继电保护装置的工作状态。本发明提供的智能变电站继电保护装置智能巡检方法及系统通过对建立继电保护装置的巡检项目配置模型，在巡检时直接通过告警项目判断方法对继电保护装置进行配置，提高了巡检的效率。