本发明涉及PHA提取分离技术领域，公开了一种喷射液化连续破壁法提取分离聚羟基脂肪酸脂(PHA)的方法和系统，该方法包括以下步骤：(1)将含聚羟基脂肪酸酯的菌体细胞进行一次喷射液化，得到含聚羟基脂肪酸酯的第一浆液；(2)将所得含聚羟基脂肪酸酯的第一浆液进行第一固液分离，得到含有聚羟基脂肪酸酯的沉淀；(3)在蛋白酶的存在下，将所得含有聚羟基脂肪酸酯的沉淀进行二次喷射液化，得到含聚羟基脂肪酸酯的第二浆液；(4)将得到的含聚羟基脂肪酸酯的第二浆液进行第二固液分离，得到所述聚羟基脂肪酸酯。采用本发明的方法能够有效提高PHA的纯度，并实现连续性分离纯化，得到的PHA的聚合度和分子量较高。