本发明涉及一种振动筛机体的故障诊断方法及系统，该方法包括获取与振动弹簧的位移方向一致的振动加速度数据；将振动加速度输入训练好的故障诊断模型进行故障诊断；其中，模型包括卷积层、全连接层、小波层、原型层和分类层，小波层对经卷积层和全连接层处理输出的特征进行激活处理以得到激活结果，原型层根据激活结果得到每个类别对应的原型；在训练时原型层根据处理后的每个类别对应的支持集确定各类别对应的原型，根据各类别查询集中样本到本类别原型距离构建损失函数，使损失函数最小完成训练。基于本发明的故障诊断方法，能够解决现有技术中故障样本受限时，利用振动筛机体的智能诊断方法得到的诊断结果准确性不高的问题。