本发明公开了一种小型化原子干涉仪和CPT原子钟的真空结构，其特征在于，该真空结构包括真空腔(1)、原子源部件和三维磁光阱组件，还包括横向探测光组件或荧光收集组件(5)，所述真空腔(1)为长方体玻璃腔体，在真空腔(1)的侧面设置有真空泵接口(11)和原子源部件接口(12)，通过真空泵接口(11)与真空泵连接，通过原子源部件接口(12)与原子源部件连接。本发明所述的小型化原子干涉仪和CPT原子钟的真空结构，具有结构简单、稳定性高、占用空间小、节约光学元件、调试方便、CPT谐振信号对比度高等诸多优点。