本发明公开了一种基于磁通误差实时估计的变压器分组合闸装置，包括：采样单元，用于实时检测电网侧和变压器侧的三相电流和电压，且对采样单元组采集的多路采样信号进行迟滞补偿处理，排除电压互感器、电流互感器的角度偏差后将同步信号输出；数据预处理单元，与采样单元连接，采用遗传算法将从采样单元获得的同步信号进行特征提取，计算出电网侧的预期磁通和变压器侧的剩余磁通作为特性信息并输出；数据处理单元，与数据预处理单元连接，根据数据预处理单元输出的特征信息，采用磁量误差技术进行分析，分析出变压器实时开关控制命令，并转换为三相断路器开关控制命令输出。彻底消除励磁涌流，提高变压器运行可靠性，降低电力设备的损害。