本发明属于纳滤膜技术领域，具体涉及一种ZIFs混合基质复合纳滤膜及其制备方法和应用。该方法包括步骤：1)功能化支撑膜的制备，2)金属盐溶液浸泡，3)表面反应生成选择性分离层和ZIFs，4)后处理。上述技术方案通过在水溶液中同步原位合成ZIFs和选择性分离层，制备成低截留分子量ZIFs混合基质复合纳滤膜，以达到对小分子污染物有高效截留作用并有着对无机盐的较高选择透过性。由于是ZIFs和选择性分离层的同步原位合成，因而该方法有效解决了疏水性ZIFs在复合纳滤膜选择性分离层中的团聚问题。