本申请涉及一种反射式光电子器件的自动耦合系统及其应用方法，涉及反射式光电子器件技术领域；其包括抗震底板，抗震底板上设置有衔接滑轨，衔接滑轨上开设有衔接槽，衔接槽的内侧壁一端设置有定位机构，衔接槽内滑动连接有衔接机构，定位机构上设置有用于夹持间隔体的夹持装置，衔接机构上设置有用于夹持吸收体的对位装置，底座上设置有紫外固化装置。本申请中的反射式光电子器件的自动耦合系统在使用时可以通过流水线的形式对间隔体及吸收体进行耦合作业，在节约了人力的同时，也提高了产品的质量。