本发明涉及一种基于粪便菌群检测在儿童炎症性肠病中的应用，属于生物医药技术领域。本发明通过收集病人的粪便标本，进行16S rRNA测序，获得相应属水平Bifidobacterium、Anaerostipes、Sphingobium和Fusicatenibacter的丰度值；根据模型公式计算丰度值得分，根据得分评估患者是否有儿童炎症性肠病的风险。以菌群丰度特征为基础，通过对病人进行特异的肠道微生物群组合丰度的检测，获得对儿童炎症性肠病的评估结果和早期儿童炎症性肠病相关事件的预测，为对患者制定进一步优化的监测和干预策略提供参考。