本发明公开一种高填方底部排水系统及施工方法，包括按地表汇水面积和流量设置主盲沟、次盲沟及支盲沟，汇水面积和流量大的冲沟、低洼沟渠沿主要冲沟设置主盲沟，在小冲沟或低洼沟渠设置次盲沟，结合场地地形对出露处的泉水和渗流应设置支盲沟；还包括泉眼排水构造和水平排水层构造，泉眼排水构造根据泉眼分组设置泉眼盲沟连接主盲沟，水平排水层构造为在碎石桩或强夯置换处理区域，原地基表面设置水平排水层与盲沟排水网络连接；主盲沟和次盲沟连接部位、主盲沟下游部位设置若干地下水位监测抽水井；本发明的高填方底部排水系统，在高填方场区地下水补给来源丰富的情况下可有效满足排水需求，同时对于排水的监测也能达到预期效果。