本发明公开了一种柔性低频输电用换频阀子模块电容容值确定方法及系统。本发明方法采用的技术方案为：建立柔性低频输电用换频阀子模块电容容值与电容电压波动率关系的数学模型；选择换频阀子模块电容容值初始值，根据建立的数学模型对柔性低频输电系统功率圆/功率圆簇所确定的各功率点进行遍历，确定各功率点的电容电压波动率；根据预设的电容电压波动率目标值，对电容容值进行迭代，直到柔性低频输电系统功率圆/功率圆簇所确定的各功率点的电容电压波动率均小于等于电容电压波动率目标值，并取合适的裕度系数，得到换频阀子模块电容容值。本发明通过迭代子模块电容容值，确定子模块电容容值的最终设计值，可用于指导工程设计和建设。