本发明属于风电并网领域，提供了一种风电并网系统小扰动稳定辨识方法及系统。其中，该方法包括获取风电并网系统的实时运行状态，构建出风电机组动态模型；基于风电并网系统的实时运行状态及戴维南等值模型，计算出戴维南等值模型的等效电压与等效阻抗；将戴维南等值模型与风电机组动态模型关联，获得风电并网系统的平衡点作为初始值，并形成状态方程矩阵；基于所述状态方程矩阵的特征值，辨识风电并网系统小扰动稳定性，以用于判断是否生成风电并网系统调控指令来稳定风电并网系统的输出。