本发明涉及一种根茎类中药莪术重金属概率风险评估方法及系统。所述方法包括：建立慢性暴露评估模型；采用经验分布拟合方法获取待评估中药中待评估重金属的浓度以及待评估中药的摄入量和摄入频率，并采用慢性暴露评估模型计算待评估中药中待评估重金属的日暴露量，从而计算待评估中药中待评估重金属的慢性暴露非致癌风险熵、联合非致癌风险熵、慢性致癌风险熵以及联合致癌风险熵，据此进行风险评估。本发明方法提出了对根茎类中药中多种重金属的暴露量估计方法以及非致癌和致癌的概率风险评估方法，通过随机模拟抽样达到对在评估过程中存在的不确定性进行量化的目的，提高了风险评估的准确性。