本发明公开了一种以陶瓷膜为载体的复合微生物缓释柱及制备方法。复合微生物缓释柱包括陶瓷膜载体及内部复合微生物制剂；其中，所述陶瓷膜载体为两侧开孔的中空圆柱体，所述复合微生物制剂包括以下重量份的成分：自养菌40‑60份，硫磺粉50‑150份，黄铁矿粉150‑250份，沸石粉80‑120份。本发明提出的以陶瓷膜为载体的复合微生物缓释柱，能够持续稳定的向投加水体内缓释硫自养微生物及硫基物质，使得水中NO3‑N发生自养反硝化反应且磷酸盐发生沉淀，提高TN、TP等污染指标净化速率，具有反应速率高、缓释性好及可再生性强等优点。