本发明公开了一种在串扰影响下的时钟抖动测量方法，首先将串扰信号XT与时钟信号CLK转换到频域，并进行低通滤波，然后将传输线路视为四端口网络，并计算四端口网络的S参数矩阵，再利用S参数矩阵计算时钟信号的端口传递函数以及串扰信号的端口传递函数，并进行预处理，最后利用叠加边沿法，将输出频域信号傅里叶反变换得到的输出时域信号按周期进行分割，计算每个周期的上升沿时刻，得到时钟信号的抖动峰峰值，或利用阶跃相应法，将串扰信号的单位阶跃响应循环移位并叠加在时钟信号的单位阶跃响应上，计算每次循环移位上升沿过零点的时刻，将最大时刻减去最小时刻，得到时钟信号的抖动峰峰值。本发明不依赖于示波器，克服了示波器底噪的影响对测量带来大的偏差，同时，适用于串扰对时钟造成的抖动测量。