水稻感光基因的Hd1‑Indel分子标记及其应用，涉及生物分子育种技术领域，该Hd1‑Indel分子标记为与水稻感光性相关的分子标记，Hd1‑Indel分子标记可应用在水稻育种中，主要为鉴定水稻是否具有感光性以及培育非感光性的水稻品种。本发明利用Hd1‑Indel分子标记对水稻亲本或杂交后代的基因组DNA进行PCR扩增和聚丙烯酰胺凝胶电泳检测，凡检测到PCR扩增产物大小为83bp的水稻均具有感光性，而PCR扩增产物大小为79bp的水稻具有非感光性。本发明可以有效快速的鉴定水稻是否具有感光性，方便工作人员将感光性水稻品种筛除，从而加快水稻新品种的选育进度。