本发明涉及生化检测技术领域，具体为模块化微流控荧光检测毛细管电泳仪及其使用方法，电泳仪外设部包括光检测模块和支撑架，毛细管电泳模块包括缓冲液池模块、电泳块和温控模块，缓冲液池模块包括第一、二缓冲液池和连接臂，电泳块包括条形盒体以及条形盒体内的毛细管柱，第一缓冲液池包括第一绝缘支撑块及其侧面和底面套装的聚增导光柱和第一电极，第二缓冲液池包括第二绝缘支撑块及其外侧面和顶面中部插装的四氟管、底面中部套装的第二电极，毛细管柱两端套装于第一、二绝缘支撑块的中心腔，毛细管柱靠近第一绝缘支撑块处设有金属镀层，金属镀层对应处设有激光通孔；简化了毛细管电泳仪结构，可操作性好，适宜用于微流控系统进样操作。