本发明公开了基于PRF计数的SAR脉冲帧丢失实时诊断容错处理方法与系统，方法包括设置最大容忍门限帧数阈值、可成像帧数下限阈值和正跳次数或连续回跳次数门限阈值；接收SAR原始数据流，启动新的目标数据段接收，读取目标数据段起始帧PRF计数，初始化数据；根据数据帧到来的先后顺序读取下一帧当前帧PRF计数值，对当前帧PRF计数值进行检测：并根据检测结果进行相应操作。本发明所设计的基于PRF计数的SAR脉冲帧丢失实时诊断容错处理方法与系统，基于星地传输原始帧丢失和异常值情况，给出了基于PRF计数的帧异常实时诊断和容错机制，不但可以减少由于原始数据异常诊断缺失导致的图像产品异常概率，同时又在可靠性范围内保证数据的利用率。