本发明公开了一种电力二次设备PCIe总线异常断链自恢复方法及系统，包括：步骤1：将属于第二PCIe设备的PCI核的地址空间分配信息从第一PCIe设备上的PCI控制器的总线路由配置信息中剔除；步骤2：控制第一PCIe设备上的PCI控制器重新训练PCIe总线链路，若PCIe总线链路恢复，则执行步骤5；否则执行步骤3；步骤3：对PCI核和对PCI控制器进行复位和初始化；步骤4：控制第一PCIe设备上的PCI控制器重新训练PCIe总线链路，等待PCIe总线链路恢复，PCIe总线链路恢复后，执行步骤5；步骤5：将预先存储的PCIe总线配置信息中的属于PCI核的地址空间分配信息重新写入第二PCIe设备的PCI核；以及将该属于PCI核的地址空间分配信息重新加入第一PCIe设备上的PCI控制器的总线路由配置信息中。