本发明涉及直流偏磁风险评估技术，具体涉及适用于直流偏磁评估的变电站互电阻快速傅里叶变换方法，包括获取水平分层大地信息；计算采样步长λstep；得到λ域的取值范围[0,λmax]；取得采样序列{Fi}；对采样序列{Fi}进行离散傅里叶变换，取得傅里叶序列G：进行离散傅里叶变换；按傅里叶序列展开式得到所有的关于Hk傅里叶序列H；利用离散傅里叶反变换计算式得到变电站之间的互电阻矩阵[M]。该方法在互电阻计算公式中的积分核函数作自适应采样的基础上，借助成熟的离散傅里叶变换和反变换算法，大幅降低了直流偏磁仿真模型中互电阻场量的求解难度。