本发明公开了一种基于图像分割卷积神经网络的鼻咽癌定位分割方法和系统，采用WLI模式和NBI模式获取电子鼻内镜图像，将鼻内镜图像输入基于图像分割卷积神经网络的鼻咽癌诊断模型，得到诊断模型标注的恶性肿瘤区域，只需要将镜头聚焦于鼻咽腔内的可疑病变组织，诊断系统即可实时对抓取的图像进行判断，并对鼻咽癌图像中恶性肿瘤部位进行标注，并导出诊断结果，直观地判断目标病变是否为恶性肿瘤组织，并据此确定恶性肿瘤病变的边界范围，快速选择可疑的病变部位进行活检，有效提高鼻内镜下鼻咽癌检测的准确度，提高活检的检出率。