本发明公开了一种提高菠萝嵌合体亲本杂交后代目标性状比例的方法，所述方法包括将外植体脱分化培养形成愈伤组织；将愈伤组织诱导培养得到体细胞胚；体细胞胚依次经过成熟培养、萌发培养、目标性状亲本筛选和生根培养得到组培苗。其中目标性状亲本筛选过程为：当体细胞胚萌发成苗至肉眼可以区别颜色时，剔除后代致死植株或非目标性状亲本植株。本发明方法能够优化杂交育种中父母本的性状，有效提升育种效率，可以在以嵌合体为亲本的菠萝杂交育种中推广应用。