本发明提供了一种防治烟草疫病的微生物土壤改良菌剂，所述微生物土壤改良菌剂包括解淀粉芽孢杆菌cd5bc油菜秸秆发酵物和尖孢链霉菌WS‑29246；所述解淀粉芽孢杆菌cd5bc的保藏编号为CCTCC NO:M 2016232；所述尖孢链霉菌WS‑29246的保藏编号为CCTCC NO:M 2012413；所述解淀粉芽孢杆菌cd5bc油菜秸秆发酵物是以油菜秸秆作为发酵底物，接种解淀粉芽孢杆菌cd5bc作为发酵菌进行发酵而得。本发明针对烟草黑胫病和烟草根黑腐病的防效均可达到85%以上；本发明可以有效地降低烟草中的镉积累，有效地降低烟草中的赖氨酸，可以提升烟草的品质并降低对人体的危害，具有良好的应用前景。