本发明公开了一种变压器保护的故障切除后励磁涌流制动方法及装置，实测并计算新装变压器空载投入时励磁涌流持续时间及一次时间常数；算法检测变压器是否带有负载运行；保护启动后获取变压器各侧每个采样点的电流采样值；对每个电流采样点采用差分算法滤去其中的非周期分量，并计算差动电流；对三相差动电流经涌流判别后的结果进行排序并重新赋值；对重新赋值后的三相电流，计算其中的二次谐波分量；对比三相处理后电流，与基波电流有效值对比，若占比超过整定值则判定该样本电流为励磁涌流，制动差动保护；本发明相较于现有算法，可以更有效地识别因故障切除后电压恢复引起的励磁涌流，从而实现可靠制动，且计算量小，反应更加迅速。