本发明公开了一种高产乙偶姻的复合发酵剂，包含巴氏醋杆菌(Acetobacter pasteurianus)CGMCC19485和瑞士乳杆菌(Lactobacillus helveticus)CGMCC12225，本发明还公开了所述复合发酵剂在食醋酿造中的应用，该复合发酵剂在食醋醋酸发酵阶段接入。本发明的复合发酵剂可用于酿造固态发酵食醋和液态发酵食醋，发酵剂用量少、发酵效率快、乙偶姻和川芎嗪产量高、产品品质稳定，提升食醋产品香味及滋味。